Il appartenait à une grande famille de musicien attachés à la cathédrale de Burgos tout au long du XVIe siècle? ..De Rodrigo on sait qu'il est né à Aracena province de Huelva vers 1533 ..Sa formation musicale reste une grande inconnue ... En 1553 le chapitre de la cathédrale de Seville l'embauche comme copiste de musique. En 1556 la cathédrale de Cordoue le nommaaide du maitre de chapelle. En 1561 il obtint, sur concours, la charge de maitre de la chapelle royale , poste qui l'élevait au rang de chapelain royal.
Ce fut l'un des grands polyphonistes du siècle d'Or espagnol. Vincent Espinel écrivit: "Il y avait le grand Ceballos, dont les oeuvres firent briller l'Espagne toute entière"