Né à Berlin, Kolja Blacher, est entré à la Juilliard School of Music de New York à l'âge de quinze ans pour être l'élève de Dorothy DeLay. A l'issue de ses études chez Sándor Végh à Salzbourg, il commença une remarquable carrière de soliste. Depuis octobre 1999, il est professeur de violon et de musique de chambre au Conservatoire de musique de Hambourg.
En tant que soliste, il est l'hôte des orchestres de tout premier rang parmi lesquels on peut citer les orchestres philharmoniques de Berlin, d'Oslo, de Saint Petersbourg et de Munich, le Gewandhausorchester de Leipzig, le Sinfonieorchester du NDR (la chaîne de radiotélévision de l'Allemagne du Nord), le Gürzenich Orchester de Cologne et le Chamber Orchestra of Europe. Il joue sous la direction de chefs de renom tels Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Alain Gilbert, Da¬niel Harding, Vladimir Jurovsky, Mariss Jansons, Dmitrij Kitajenko, Kent Nagano, Jonathan Nott et Kirill Petrenk.
Quant à la musique de chambre, Kolja Blacher la pratique dans le cadre de partenariats tout aussi intenses avec le violoncelliste Clemens Hagen, l'alto Wolfram Christ et les pianistes Bruno Canino, Kyrill Gerstein et Vassilij Lobanov avec lesquels il donne des récitals ou des concerts pour trios.
Après d'excellentes expériences avec l'orchestre de chambre de Stuttgart, la Santa Caecilia de Rome, le Hong Kong Philharmonic (Concerto pour violon de Beethoven), le Kioi Sinfonietta de Tokyo (Concerto pour violon de Brahms) et le Melbourne Symphony Orchestra qui lui avaient permis d'unir la fonction de soliste à celle de chef d'orchestre, Kolja Blacher s'est découvert une véritable passion pour ce double rôle qui sera également le sien au cours de la saison 2007/2008 notamment avec les concertos de Robert Schumann et de Kurt Weill qu'il interprétera respectivement à Berlin et à Dessau avec le Mahler Chamber Orchestra.
Ses enregistrements des sonates de Chostakovitch et de Mieczyslaw Weinberg (avec le pianiste Jasha Nemtsov) parus chez Hänssler ont reçu en avril 2007 le « Vierteljahrespreis der Deutschen Schallplattenkritik » (prix trimestriel de la critique discographique allemande). Ses enregistrements des concertos pour violon de Strawinsky et de Berg avec le Mahler Chamber Orchestra sous la direction de Claudio Abbado lui ont valu, en mai 2006, le Diapason d’Or et, une nouvelle fois, le prix trimestriel de la critique discographique allemande. Citons le Fono Forum : « Avec cet enregistrement en direct, il démontre une fois de plus son talent de violoniste de classe mondiale. Son interprétation de la partition de Berg est caractérisée par la clarté des lignes et une sonorité qui, pour être emprunte de diversité, n'en est pas moins romantique. Le « tranquillo » des dernières mesures de l'oeuvre est captivant. Quant au Concerto pour violon de Strawinsky, il est animé d'une vigueur extravertie remarquable ».
Plusieurs prix ont récompensé ses enregistrements antérieurs, notamment le Concerto pour violon de Boris Blacher, la pièce de musique de chambre Kammermusik n°. 4 de Hindemith ainsi que les sonates pour violon de Schumann, Bartok et Holliger (avec Bruno Canino comme partenaire).
Le lien particulièrement étroit qui le lie depuis des années à Markus Stenz et au Melbourne Symphony Orchestra marquera également la saison 2007/2008. D'autres engagements le conduisent à Milan, Rome, Berlin et Monaco, dans plusieurs villes d'Israël, en Finlande et au Canada. En mars 2008, il donnera plusieurs concerts à Tokyo avec le Yomiuri Nippon Symphony Orchestra et le Kioi Sinfonietta. Le concert avec le Yomiuri Orchestra sera retransmis en direct par la télévision japonaise. L'une des étapes les plus marquantes de la saison 2008/2009 sera un concert avec le London Philharmonic Orchestra dans le Royal Festival Hall.
Le violon de Kolja Blacher est le stradivarius dit « Tritton » de 1730 mis à sa disposition par Madame Kimiko Powers.