La foi bogomile viendrait, d'après certains, de Bulgarie (où l'on a retrouvé quelques stecak), ils auraient été persécutés puis se seraient réfugiés en Bosnie-Herzégovine. Pourtant, de récentes recherches démontreraient que les traces bogomiles présentes en Bosnie-Herzégovine, sont plus vieilles que celles présentes en Bulgarie. La foi bogomile viendrait donc bel et bien de Bosnie-Herzégovine. Certains d'entre eux, pourchassé par les chrétiens, considérant les Bogomiles comme des hérétiques, se seraient réfugiés dans différentes régions des balkans (Bulgarie, Serbie, Macédoine) pourtant, les Bogomiles ont uniquement prospéré en Bosnie-Herzégovine. Dans les autres pays qu'ils ont peuplés, ils ont souvent été chassés ou même tués.
D'après ce que l'on raconte les Bogomiles sont bien plus vieux que ce que l'on ne croit. Ils seraient les descendants des Illyriens. Ils n'avaient pas grand chose à voir avec les Chrétiens. Avant l'arrivée des Romains dans la région et des grandes religions, ils avaient leur propre foi, et leurs propres rites. Lors de manque d'eau, ils montaient dans la montagne et priaient leur dieu (on pense qu'il s'agit du soleil) pour faire revenir la pluie. Plein d'autres rites et prières sont ainsi racontées sur les Bogomiles. Avec l'arrivée des Catholiques et des Orthodoxes (les deux Églises de l'Europe au Moyen-Âge) les Bogomiles (re)changent radicalement leur mode de vie (il faut préciser qu'avec l'arrivée des Romains les Bogomiles, alors appelé Illyriens, avaient déjà changé leur mode de vie, c'est à cette période qu'ils auraient perdu leurs rites et croyances évoqués plus haut).
Ils adoptent une croyance chrétienne mais afin de lutter contre les deux influences convoitant le territoire bosniaque, les Bogomiles adoptent alors la forme que l'on connait aujourd'hui (même si nos connaissances restent très minimes). Débutent alors les persécutions mais elles stoppent assez rapidement car le royaume de Bosnie adopte comme religion officielle, la religion bogomile et catholique. Cette situation prospère va durer jusqu'à l'arrivée des Ottomans vers 1480 après J.-C. dans le royaume qu'ils annexent. La conversion à l'islam n'est pas obligatoire mais les musulmans sont privilégiés par rapport aux chrétiens. 97% des Bogomiles adoptent alors la religion musulmane qui perdure depuis en Bosnie-Herzégovine avec le catholicisme et l'orthodoxie.
Les habitants bosniaques sont donc presque tous directement descendants de Bogomiles, eux-même descendant des Illyriens. À noter que vers 800 après J.-C. sont arrivés les Slaves en Bosnie et ils se sont souvent mélangés aux bogomiles peuplant le royaume.
Les Bogomiles créèrent une riche littérature apocryphe qui puisait ses sujets dans les légendes hébraïques et chrétiennes en une langue imagée et accessible. Le plus remarquable de ses écrits conservé, Le livre secret, fut traduit en latin par les Albigeois. Le mouvement des Bogomiles réussit à survivre jusqu'au XVe siècle.
Bogomiles et Cathares
L'idée est souvent évoquée que les bogomiles seraient à l'origine du mouvement cathare. La doctrine bogomile, apparue à la fin du Xème siècle en Bulgarie, se serait étendue chez les serbes et les moines de Constantinople, puis en Asie mineure, avant de gagner l'Europe sous des formes différentes. Cet argument prend notamment sa source dans la proximité théologique qui peut exister entre les deux mouvements, et leur influence commune par le gnosticisme et le manichéisme. On trouve également l'idée que les stèles (stečci) omniprésentes dans les Balkans (notamment en Bosnie-Herzégovine, Serbie, Croatie) seraient l'œuvre des Bogomiles, et que les symboles qui y sont gravés manifesteraient l'influence du manichéisme. Il faut toutefois souligner qu'il s'agit avant tout de spéculation, et que ces considérations se trouvent peu documentées historiquement.
En fait, du point de vue de l'histoire religieuse, il est difficile d'établir une généalogie claire des relations entre Bogomiles et Cathares. Mais, du point de vue de l'histoire géopolitique et militaire, ces relations ont constitué une composante importante de l'histoire de la chrétienté médiévale. Le bogomilisme et le catharisme sont deux mouvements religieux proches, qui ont été déclarés hérétiques par l'Eglise catholique romaine, et vigoureusement combattus par elle (croisades). Dans le même temps, Rome était également en opposition farouche à Byzance, en particulier depuis le grand schisme de 1054. Une solidarité de fait s'est donc constituée entre Cathares et Bogomiles, ces derniers se trouvant par ailleurs dans la sphère d'influence byzantine. Ainsi, des liens stratégiques ont étés noués entre les comtes de Barcelone et l'Empire byzantin, et des mercenaires catalans et occitans ont combattu dans les armées byzantines. Les relations entre Bogomiles et Cathares se sont donc inscrites sur la toile de fond beaucoup plus large de la lutte âpre entre Eglise d'Occident (Rome) et Eglise d'Orient (Byzance), et elles ont constitué un paramètre géopolitique non négligeable dans cet affrontement.