Né à Genève le 27 janvier 1970, de parents français et suisse, Emmanuel Pahud commence ses études musicales dès l'âge de 6 ans à Rome, les poursuit à Bruxelles et obtient, en 1990, son Premier Prix au Conservatoire National Supérieur de Paris.
Il se perfectionne ensuite auprès d'Aurèle Nicolet.
Il a remporté les premiers prix d'importants concours internationaux, notamment à Duino en 1988, Kobé en 1989 et Genève en 1992. Il est également lauréat de la Fondation Yehudi Menuhin, de la Tribune Internationale des Jeunes Interprètes de l'UNESCO, Prix de soliste de la Communauté de Radios Publiques de Langue Française et Prix Juventus (Conseil de l'Europe).
Flûte solo de l'Orchestre Philharmonique de Berlin (Claudio Abbado) de 1993 à 2000, Emmanuel Pahud a retrouvé l'orchestre en avril 2002 après une année consacrée à l'enseignement au Conservatoire de Genève.
Il donne de nombreux récitals et concerts en Europe, au Japon, en Amérique, notamment lors d'importants festivals internationaux (Colmar, Montpellier, Lucerne, Salzbourg…) dans un répertoire allant de la musique baroque à la musique contemporaine dans les formations les plus diverses.
Emmanuel Pahud joue avec les orchestres les plus prestigieux : Philharmonie de Berlin (Abbado), Orchestre du Festival de Budapest (Fischer), Baltimore Symphony, London Philharmonic, Zürich Tonhalle, l'Orchestre de la Suisse Romande, l'Orchestre Philharmonique de Monte-Carlo (Rozhdestvensky), le Bayerischer Rundfunk (Maazel), le NHK Symphony, le Tokyo Symphony, les Berliner Barock-Solisten, l'Orchestre National de Belgique, l'Orchestre Philharmonique de Radio France (Ch. Hogwood), le Danish Radio Symphony. Il est parti en tournée en Australie avec l'Autralian Chamber Orchestra, aux USA avec le Barcelona Symphony et au Japon avec le Budapest Festival Orchestra.
Au cours de la saison 2006/2007, il donnera en création mondiale les concertos de Matthias Pintscher, Michael Jarrell et Marc-André Dalbavie.
Emmanuel Pahud est un chambriste engagé. Il a donné des concerts en Europe, Amérique du Nord et Japon avec les pianistes Eric Le Sage et Stephen Kovacevich et aussi dans un programme flûte et cordes avec Christoph Poppen, Hariolf Schichtig et Jean-Guihen Queyras. Au cours des saisons à venir, il se produira en récital avec Hélène Grimaud et Eric Le Sage, sera en résidence au Festival de Lucerne. Une "Carte Blanche" lui est consacrée à la Philharmonie de Cologne.
En 1996, Emmanuel Pahud a signé un contrat d'exclusivité avec EMI couvrant tout à la fois les répertoires du concerto, du récital et de la musique de chambre. Il a enregistré de nombreux disques qui ont tous été acclamés par la critique spécialisée (en France, en Allemagne et au Japon). Le tout dernier "French connection" (Chostakovitch, Villa-Lobos) est paru en mars 2005.
Emmanuel Pahud a reçu, en 1998, la Victoire de la Musique Classique catégorie soliste instrumental ainsi que le Grand Prix de la Nouvelle Académie du Disque Français pour son enregistrement de musique française en duo (Poulenc, Dutilleux, Sancan, Jolivet...) avec le pianiste Eric Le Sage.